Президентът е първият избран чрез законодателни избори през 1990г. През първите директни президентски избори, проведени през 1991г., ръководителят на бившата комунистическа партия Рахмон Набияев спчелва гласуването. Длъжността на президент е премахната през ноември 1992г. и после възстановена през 1994г. чрез конституционен референдум, който законно я одобрява. На президентските избори през ноември 1994г. Рахмонов печели гласуването, което не е одобрено от опозицията и е осъждано от нея и от западните наблюдатели като подправено. Единственият опонент на Рахмонов бил Абдумалик Абдулоянов. Министерският съвет е отговорен за управлението на правителствената дейност. Президентът определя първият министър и другите членове на съвета с одобрението на Върховнато събрание. През 1996г. Министерският съвет включва 15 министъра, 6 заместник министъра, председателният съветник по националните икономически въпроси, секретарят на Националният съвет за сигурност и председателят на Националната банка на Таджикистан.

Конституцията от 1994г. определя съдебното право като независимо, включително на национално ниво Върховният съд, Конституционният съд, Върховният икономически съд и Военният съд. Горно- Бадакшанските автономни провинции имат местен съд. Съдиите са назначавани в срок от 5години и теоретично са подчинени на Конституцията. Президентът си запазва правото да освобождава съдиите и на практика в Таджикистан все още липсва независима съдебна система след приемането на Конституцията. През юни 1993г. Върховният съд действа в интерес на режима на Рахмонов, като забранява всичките 4 опозиционни партии и всички организации, свързани с коалиционното правителство от 1992г.

Върховното събрание е избрано директно за период от 5год. Според Конституцията всеки гражданин, който е минимун 25 годишен, може да участва в изборите. Върховният съвет (който е еднокамерен), състоящ се от 230 места, е избран през 1990г., включвайки 227 комунисти и 3-ма членове на други партии. Конституцията приема през ноември 1994г. 181 членна колегия, която да замени Висшия съвет (Върховния). На първите избори